|
تنوع سیستمهای CRISPR/Cas در جنس لوکونوستوک
|
سارا غفاریان*    ، بهمن پناهی |
| گروه زیست شناسی سلولی و مولکولی، دانشکده علوم پایه، دانشگاه شهید مدنی آذربایجان، تبریز، ایران. ، s.ghaffarian@azruniv.ac.ir |
|
|
چکیده: (134 مشاهده) |
عفونت بوسیله باکتریوفاژها یکی از چالشهای مهم کاربرد باکتریهای مختلف در صنایع میباشد. یکی از سیستمهای ضد ویروسی ذاتی در باکتریها سیستم CRISPR/Cas می باشد و تعیین ویژگی این سیستمها در باکتریها میتواند در فرمولاسیون و بکارگیری این باکتریها نقش کمک کنندهای داشته باشد بر این اساس به منظور شناسایی سیستم CRISPR/Cas در باکتریهای جنس لوکونوستوک، توالی ژنوم کامل 18 گونه شناسایی شدهی این جنس مورد کاوش قرار گرفت و اطلاعات سیستم CRISPR/Cas آنها بر اساس الگوریتمهای مبتنی بر همولوژی بررسی گردید. در مرحله بعد ویژگیهای مربوط به ساختارهای کونفورماسیونی و پایداری سیستمهای شناسایی شده بر اساس انرژی آزاد تعیین، جایگاه شناسایی فاژها (PAM ) با استفاده از رویکردهای مبتنی بر BLAST شناسایی، و در نهایت روابط خویشاوندی این سیستمها بر اساس توالی آمینواسیدی پروتئینهای همراه مورد ارزیابی قرار گرفت. بر اساس نتایج بدست آمده از مجموع 18 گونه ثبت شده برای این جنس در NCBI، 9 گونه دارای سیستم CRISPR/Cas کامل بودند. نتایج مربوط به تعیین نوع سیستم CRISPR/Cas ، نشان داد که غیر از یک مورد، همه سویهها حاوی سیستم نوع II-A میباشند. تعداد توالیهای تکراری در این سیستمها بین 4 تا 101 عدد و طول متوسط توالیهای فاصله دهنده بین 28 تا 30 نوکلوئوتید متغییر بودند. در مجموع 9 نوع توالی PAM در انتهای ´3 و 9 نوع توالی PAM در انتهای ´5 این سیستمها شناسایی شد. بر اساس نتایج آنالیز خویشاوندی، این سیستمها در دو گروه اصلی تقسیمبندی شدند. سیستم CRISPR/Cas نوع II-A فعالترین سیستم بر علیه DNA مهاجم خارجی در باکتریهای جنس لوکونوستوک باشد.
|
|
| واژه‌های کلیدی: لوکونوستوک، CRISPR، تنوع، رابطه خویشاوندی، ساختار |
|
|
|
نوع مطالعه: پژوهشي |
موضوع مقاله:
تخصصی متفرقه
دریافت: 1402/5/11 | پذیرش: 1402/11/24 | انتشار: 1402/12/24
|
|
|
|
|
|
|
| ارسال نظر درباره این مقاله |
|
|
|
